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Text File  |  1995-03-04  |  1.6 KB  |  35 lines
  1. ****************************************************
  2. * Alkylbase DNA glycosidases alkA family signature *
  3. ****************************************************
  4.  
  5. Alkylbase DNA glycosidases [1] are  DNA repair  enzymes  that   hydrolyzes the
  6. deoxyribose N-glycosidic bond to excise various alkylated bases from a damaged
  7. DNA polymer.
  8.  
  9. In Escherichia coli there  are  two alkylbase DNA glycosidases: one (gene tag)
  10. which is constitutively expressed and  which is specific for the removal of 3-
  11. methyladenine (EC 3.2.2.20),  and  one (gene alkA)  which  is  induced  during
  12. adaptation to alkylation and which can remove a variety of alkylation products
  13. (EC 3.2.2.21.) Tag and alkA do not share any region of sequence similarity.
  14.  
  15. In yeast there  is  an alkylbase DNA glycosidase (gene MAG) [2,3],  which  can
  16. remove 3-methyladenine or 7-methyladenine and which is structurally related to
  17. alkA.
  18.  
  19. MAG and alkA are both proteins of about 390 amino acid residues.  While the C-
  20. and N-terminal ends appear to be unrelated, there is a central region of about
  21. 130 residues which is well conserved.  As a signature pattern we have selected
  22. part of this region.
  23.  
  24. -Consensus pattern: G-I-G-x-W-[ST]-A-x(2)-F-x-[LIVM]-x-G-x(4)-D-V-F-x-P-[ED]-D
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  26. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  27. -Last update: June 1992 / Text revised.
  28.  
  29. [ 1] Lindahl T., Sedgwick B.
  30.      Annu. Rev. Biochem. 57:133-157(1988).
  31. [ 2] Berdal K.G., Bjoras M., Bjelland S., Seeberg E.C.
  32.      EMBO J. 9:4563-4568(1990).
  33. [ 3] Chen J., Derfler B., Samson L.
  34.      EMBO J. 9:4569-4575(1990).
  35.